这次暴力收租和刺杀山东巡抚事件最终还是以失败告终，曹文诏在济南城外接到狼狈逃回的程奇瑜，掩护他撤退的东厂三十人损失了一半，连赵成都受了轻伤；曹文诏剿灭了来追之敌后，派了一个连去皇庄抓德王世子，自己带着五个连护着陈奇瑜回到济南城。
陈奇瑜回到巡抚衙门，又得知鲁王府旁支和山东都指挥所也有人也参与暴力收租，终于明白这是次联合反扑行动；他毫不犹豫的让禁军四镇接管了巡防营彻查巡防营的几位将官，并下令全城戒严；查封了德王府和鲁王府涉案支系府邸，从皇商、皇庄抽来商队护卫和“自卫队”组成“联防队”将鲁王府围了起来以免再出意外，做完这些后才与曹文诏、赵成及镇守太监四人联名上奏。
朱由检接到奏章彻底震怒了，顾忌正在举行的科举考试没有声张，只是将德王和鲁王秘密监控起来；对在山东两王府可没那么客气，下旨给陈奇瑜将德王府世子赐死，参与暴力收租的德王系、鲁王系皇族成员家与平民家家男丁斩首示众，涉案平民三族充军辽东。
科举顺利结束完后，又补发一道旨意：鲁王、德王不思皇恩，御下不严，暴力抗法；德王除爵、与妃幽禁凤阳，查抄德王府、收回奉地，剥夺德王系皇族称号及一切封地、玉碟除名，全族打散充边；查抄鲁王府、收回奉地，改封旅顺郡王，鲁王系全族称号及封地降三级、不足三级的贬为平民、玉碟留名，充军辽东。
同时还下了两道秘旨：一是经查证曲阜孔氏北宗为家奴在前元期所篡，证据确凿，德行有污，今革其圣师嫡传称号，贬为平民；封婺州孔氏南宗为正统，义正视听，承袭衍圣公爵位，奉田同亲王例；二是今衍圣公深明大义，奉公守法，潜心教化，与国有功，特赐奉田同亲王例。
陈奇瑜拿到这两个密旨如同烫手山芋，北孔传世不正传闻由来已久，读书人好面子没人去捅破而已；再说从老夫子传到明朝已上千年，经历无数战乱是不是正统谁说得清楚；如今皇帝要撕破脸皮不给衍圣公面子，逼其同意土改政策，做为臣子的就有点左右为难了。
最后还是忠君思想占了上风，于是陈奇瑜找来曹文诏商议如何处理这事；哪知从曹文诏那得知这曲阜孔家与“闻香教”及这次的暴力收租竟也有瓜葛，这下他不再犹豫了，坚定支持皇帝的做法。
两人随后商定由曹文诏以剿匪为名派一部禁军南下曲阜附近，陈奇瑜则以巡查山东为由到曲阜劝说衍圣公就范。
七月初，禁军三镇大部终于开到达济南
，随即以团为单位分驻扎各地剿匪；山东巡抚衙门不久宣布陈奇瑜开始巡视山东各地；七月上旬，曲阜衍圣公上奏请辞奉田，将多余私田分给孔氏家族成员，宣布支持朝廷土地改革，天下士族哗然失色才知大势已去。
朱由检对此行为投桃报李，以皇后及两个皇妃都怀有身孕为由，宣布特赐给衍圣公辽东土地十万亩做为感谢，天下士子无不欣喜万分。
七月下旬，内阁公布将陕西省分为陕西、甘肃两省，湖广分为湖南、湖北两省，南直隶分出泸州、凤阳、安庆等十二府建立安徽省，省会分别为西安、兰州、长沙、武汉、合肥，从南京六部中选拔部分官员到新的行省任职。
七月底，内阁颁布《大明关内土地持有法》，全面推行“三七收租”及关内土地持有限定，开始了最大范围的土地改革；云南、贵州、四川土司区暂不执行此项政策，云南沐王府地位特殊暂不执行土地限定政策；从皇庄和科学院抽调人在户部成“劝农司”，专门负责管理全国公田清理及指导农民种植农作物，推广玉米、番薯等高产农作物，各省也陆续成立了相应组织。
南下的军队在“山东抗租事件”处理结束及曲阜孔府认同土改后并没调回北京，而是继续往前推进。
保定镇进入济南并入禁军第三镇，将在山东南部的两个旅分别调往南京整编，整编后在南京新成立由张可大任总兵的禁军第七镇，在合肥成立由第五旅旅长潘明任总兵的禁军第八镇；第二镇继续南下武汉，第六镇南下郑州；杨国柱部、满桂部和周遇吉部调回原驻地准备八月张家口的大会。
登州镇在整编完后被朱由检划做北洋舰队陆战镇下辖四旅，驻地分别天津、威海、上海、皮岛（济州）。
朱由检暂时只能管到这么远，“忠君社”的作用正在加强，交通条件导致距离过远就是鞭长莫及，只能靠各地方官员自觉了执行各项政策，情况自然是有差异，这也是没法子的事。
严格控制了北方各省后，朱由检将触角撒到长江沿线就停住了，要先消化掉已有地区的成果才会再推进，剩下的只是让五军都督府和内阁联合发了份以山东事件为鉴要求各地方严格整编各地卫所、保证土地改革顺利进行的邸报了事，福建、湖南、江西、贵州、两广和云南现在还是半独立状态。
朱由检准备在十月到十二月左右在进行一次大的整军，争取在崇祯二年年中时控制到全国范围。
今年北方的农业收成还是不错的，以陕西为例最先执行土改政策，洪承畴
铁腕镇压了几个闹事的士族后，再没人敢出风头；分到土地的农民积极性大了很多，又修缮水渠引水；虽然今年也有灾害，皇庄依据情况将公粮减少了一成或免收，粮食勉强可以自给了。
直隶、陕西、山东、河南、四川等地报上来的消息也不错，除了山东皇庄其他几个地方没报告暴力收租事件，皇商各地分号也在紧张将收来的粮食运到各地的王爷的粮仓。
这几省的巡抚大人见着眼热，召集各府地方官将土改任务布置了下去，号称如那个府出现问题自己摘去乌纱帽；内阁也在吹风明年将官员的俸禄进行调整，并与今年的土改执行情况进行官职调整；有这颗糖在前，禁军和巡抚舞着大棒子在后，这些官员们也只得认真的干着自己的活，毕竟升官发财才是主要的。
南方各省的皇庄今年产量也是不错，地方上的的表现就有好有坏了，有些士族拼着最后的机会加大了盘剥，导致当地农民的境地比往年更惨这也是这个乱世的常态。
江南一带的粮价在五月份就开始走高，到六月情况更加恶劣；好在对此状况早有防备，毕竟商号还没开满整个江南大小各镇，只能在各主要城市做点事情，以至于情况不再恶化。
朱由检知道有人想趁今年上演“多收了三、五斗”的戏码，让皇商总号向江南一带调集粮食和资金，准备在粮食收购的七月份大量收购市面上的余粮，将一些控制南方粮食的商号及背后的财团打垮；魏忠贤的爪牙们则开始清理各地的早些年拖欠的尾款，江南各地陷入一阵鸡飞狗跳中。
朱由检的第二招是让齐赞元以朝廷特使身份，用大胜辽东及林丹汗告慰孝陵的名义让他南下到南京部署行动；除派旗手卫五十仪仗兵，还专门调了上直卫的五百官兵保护他的安全，随行的还有东厂督理常延兴带的五百东厂特务司的人协助。
齐赞元知道这次南下并不单纯为了粮食，装作不知带着五十条船的船队从运河一路慢慢南下，六月下旬在到达扬州盘恒了三日，接到在山东境内就下船的常延兴等人后才继续前往南京。
这日齐赞元的船队刚驶出运河来到长江不久，一艘挂着大明国旗的巨大战船跟了上来拼命的打着旗号；停船一问是朱由检突发奇想派来给他助威的“伏波号”，随船带了两辆新出厂的四轮马车和陵卫装备的一万支天启六式火枪及配套弹药。
齐赞元、常延兴等自然上了“伏波号”号带着船队浩浩荡荡向南京驶去。