南京被占意味着清廷江南财赋中心彻底的失去了，十几万清军主力投降也意味着清军在江南的武装力量被彻底的消灭，瞬时间中国的形势变得清晰起来――南北对立。北伐军由于兵力不济的原因无力继续向北推进，北京清廷因为南方兵力损失巨大，只能暂时守住长江北岸防线，从北方调集兵力南下则需要时间，于是在双方都不情愿却又不得不接受的情况下，这场战争突然间停止了，似乎双方都满意现在局面，当然，私底下的一些小动作则是不会停止的。
北京朝廷里的军机们现在依然忙碌，西太后狠话了――无论如何不能让叛匪过长江。军机们领了旨意自然不敢怠慢，调兵的调兵，筹钱的筹钱，找粮的找粮，总之是没有闲着的。城里的王公们也没闲着，该打探消息的打探消息，该转移钱财的转移钱财，该投机走门子的抓紧时间走门子，一时间整个京城竟然热闹了起来，仿佛前段时间被压抑的神经一下子松掉了一般，不知道的人定会以为天下太平了呢！！但是世间哪有如此好的事情呢？就在北京城一片迎来祥和之时，安南军队又给了他们当头一棒，北伐军出以不意地攻占了川南大部，前锋部队进逼成都，四川危在旦夕!
四川虽然地处内陆四面环山，但是自古却是膏腴之地，物产丰富，人口众多，南接云贵，北连甘肃陕西，是北伐军当前所必须攻占的地方。在北伐之初就制定了详细的入川作战计划，但是参谋部在制定的作战计划的时候还是低估了地形对行军作战的影响，致使北伐军入川时间一再推迟，萧智曾几次电询问情况，参谋处和北伐司令部也数次催促要加快行动步伐。无奈川南地形多山而且名族成分十分复杂，自盐边出的第二师走了十天才到达才到达川南的昌德，距目的地西昌还有一半的的路程，从贵州昭通出的第一师倒是行军较快，已经抵达喜德，昭觉一带，但是重火力部队却还远在金阳，布托一带，足足离主力部队有两百公里远。进攻最快的是是从宜宾出的部队――新编陆军独立二师，这支部队沿岷江逆流而上，三天时间就赶到了目的地――健为县城，其前锋已经抵达乐山一带，距成都不足四百公里，堪称神。一方面是因为该部行军路线较为平坦，另一方面则是一位独立二师大部分都是贵州籍战士，最熟悉山地行军，虽然是新编师团，但是士气去很高涨，所以行军起来也就快的多了。最牛的要数另一支新编部队――新编陆军独立第三师。这支“胆大妄为”的部队不顾参谋处的命令，埋头行军六天，硬是从泸江刚到了内江县，其前锋更是越过了资中，直逼资阳，距成都不到一百公里，要不是参谋处下了死命令――不准再向前行军。估计其前锋能孤军到成都。看着手里情报，萧智一阵傻，这些新编部队行军也太快了点吧！就是急着立功也不用这么玩命吧？四川可是有好几万军队呢！万一被人家包了饺子怎么办？所以萧智接连给入川作战的部队报，命令他们不得贪功，要稳扎稳打，争取以歼灭敌人的有生力量为主，不要只顾埋头行军，同时严令独立第三师前锋部队从资阳撤回资中，以防止孤军深入被敌歼灭。独立第三师前锋部队接到严令后，在一片的不乐意声中慢吞吞的回撤到了资中，等待大部队的到来。
经过十几天的艰苦行军，第二师终于到达了西昌，并随后攻占了这个只有一个营把守的小县城，在短暂的修正后，第一师继续北进，并在喜德与留守的第一师一部汇合，在留下一定的留守部队后继续北进，经越西，甘洛抵达峨边县城，而第一师则经美姑，马边，沐川抵达健为，与独立第二师汇合，至此所有入川的的部队都完成了既定的攻击目标，川省府四川，被北伐军三面包围。其后各部又陆续展开攻势，扫清了自己外围的一些清军小据点，巩固了自己的占领区域。
北伐军在川南的一系列进攻引起了清廷的的极大恐慌，四川地位的重要性不言而喻，一旦被占，清廷的唯一一个剩余的财赋中心将丢失，这还在其次，丢失四川也同时意味着长江天险将对北伐军不再有任何的作用，因为其可以利用四川作为跳板北进陕西或者东进湖北，清军的防御体系将被撕裂出一个巨大的漏洞，随时有被北伐军从侧翼迂回攻击的可能，这对于在湖北和川东布防的清军威胁尤其明显，在得知北伐军攻占川南进逼成都后，清军在湖北及川东的部队登时大乱，许多部队开始后撤，湖广总督张之洞急调原在长江前线的湖北新军第一镇由荆门急赴巴东县城，以保护湖北的西翼防线，同时命令地方巡防营紧急向秭归和兴山集结，以随时应对北伐军的东进，保护自己的侧翼安全。四川总督刘秉章在得知北伐军被伐时就意识到了自己的危险，他一面加快四川新军的编练，一面调整全川部队部署，将在川东的部队集中部署在重庆，川合及潼南一带，以保证成都东侧的安全，同时在川南及川西收缩兵力，将其集中在眉山，雅安和资阳一线，以重兵护卫成都，希望以优势兵力取得东北伐军决战的胜利。不得不说刘秉章虽是书生，但是战略布局还是不错的，虽然北伐军进军顺利，但是都目前为止并未与驻四川清军生过大规模的战斗，许多地方都是清军主动撤退地，这使得清军保留了近百分之九十的部队，集结在成都及川东的清军即有三个新编镇约四万五千人，约六十个地方巡防营约三万人，还有其他江防营和地方团练武装等大约四万人，再加上总督府新编的一个协（旅）卫队约五千人，清军集结在成都周围的兵力大约在十二万左右，是现在北伐军入川部队的两倍，而且他们依靠城墙和有利地势在成都及周边地区大规模修建防御攻势，这都给北伐军入川部队带来了极大地困难。
萧智得到这些消息后也很难决断――攻，伤亡势必很大，而且清军已经做好了决战的架势，川军战斗力自古强悍，并不比北伐军差多少。那就只能暂时守了，虽然现在清军实力强大，但是相信入川的部队依靠火力优势守住现有的地方还是绰绰有余地，在和参谋处商量之后，萧智命令入川北伐军依托现在的形势，巩固防守，没有命令任何部队不得擅自出击。就这样在四川出现了一个奇怪的局面：北伐军和四川军队各有顾忌，谁也不愿意先行进攻对方，大家互相对峙了起来。
现在清廷对于安南军队的攻势是毫无办法，清军在数量上让然占有相当大的优势，但是质量上实在不敢恭维，具有战斗力的部队只有淮军和部分刚刚组建的新军，可是武器装备奇缺，新式战法的训练也是刚刚起步，战斗力更是低的吓人。反观北伐军则是战斗力极强，但是数量相对较少，虽然可以在局部集中相对较多的兵力，但是作战面却相对较小，只能集中在一个较小的地方战斗以利于与清军决战。但这有个缺点，一旦清军分散使用兵力，北伐军的这种战术将失去效用。
现在是双方各有估计，清军怕北伐军过江，因为以北伐军的战斗力来说，目前的清军根本挡不住，除非调集全国的军队与北伐军作战，但是现在清军还远远没有做好这样的准备，而安南军队虽然远比清军实力强悍，但是现在兵力的运用已经抵达了极限，要维持住现在广大的占领区已属不易，除非萧智等人可以不顾后方的安危，在极短的时间里一举攻占北京，将清王朝的统治者一锅端了，否则，下场将会很凄惨，光是现在南方那些蠢蠢欲动的地主武装就能将他们赶回安南去。
现在是两方都不想先难，所以在北伐军攻占川南后，就停止了北进的步伐，转而开始全心全意地巩固现有占领区了，北京的清王朝廷在见到北伐军停下脚步之后，也松了一口气，也开始积极编练军队，调整自己的部署，已为将来的反扑做着准备，一时间全国似乎风平浪静了，战争的阴云一下子就消散了。
为了尽量的争取时间，双方不自觉地都想到了拖延时间的方法――和谈。在双方看是默契的要求下，英国和法国这两个国家，有意无意的被双方选成了调解人。1896年1o月3号，英法双方同时向在对峙中的中国南北双方出外交照会：同意作为国际调解人调解双的矛盾。英国和法国先希望双方暂停现在的军事行动，以创造较好的调节环境。1o月5号，萧智以北伐军总司令的名义表示接受英法的调解，同时宣布北伐军以现有军事控制线为起点，暂停军事行动，但是同时表示，北伐军海军仍然会维持在长江上攻击态势，任何不经北伐军海军许可的船只不得进入长江行驶，以确保长江防线的安全。1o月7日清廷皇帝下诏，宣布接受英法的建议，有条件地与“叛军”停火，并表示在条件许可的范围内与“叛军”谈判，以尽快结束这场“浩劫”。但是双方就谈判的地点展开了激烈的争执，谈判还未开始就陷入了僵局。