随着海军的到来，第七师和独立旅也开始了真正的攻城战，福州城及其外围的阵地也暴露在了海军的舰炮之下，即使福建的清军将闽江入城的航道堵死也是完全的无济于事，安南海军的舰炮的射程远远过了清军以前的认知。这是当初张应?等人根本就没有想到的情况，这是的福州城里的清军在防御时更加的吃力，也更加的困难。
福州位于福建省东部沿海，闽江下游，东濒东海，与台湾省隔海相望。所在地属于典型的河口盆地，盆地四周被群山峻岭所环抱，其海拔多在6oo～1ooo米之间。东有鼓山，西有旗山，南有五虎山，北有莲花峰。境内地势自西向东斜，闽江蜿蜒崎岖从城之中穿越而过，附近就是福州船争学堂和福州造船厂，福州的地理位置十分的优良，而且由于三地环绕，整个城市易守难攻，不要说现在城里还有几万大军守卫，就是只有七八千人就可以很好地守住整个城市，如果再配合海军守卫的话，那么整个福州城真可以称得上是铜墙铁壁的防御了，可惜的是原来驻守在这里的海军已经被调往北方了，成了守卫天津等京畿地区的近岸海防部队了，现在闽江里行驶的船只都是隶属于安南省太平洋海军，这使得福州城的防御体系留下了一个巨大的漏洞，而这个漏洞现在却是一个致命的要害，攻防的双方都清楚地知道这个要害的重要性，所以不约而同地将重点放在了这方面。
福建多山地，作为福建府的福州城也是被众多的山岭所环绕，整个福州城进出的道路只有**条，而且多为山路，清军只要占据路旁的一些高地，就可以完全的封锁住整个福州城的通道，而且这些清军阵地均是易守难攻之地，如果一个一个的拔除，不但部队的伤亡会很大，时间也会拖的很久，这些都不是安南北伐部队所愿意的，唯一的突破口便是闽江了，福州城横跨闽江两岸，在闽江中又一个小沙洲，又将闽江分成南北两支，这就使得闽江变得很狭小，只要架上浮桥，就可以轻松进入福州城里，这就是双方攻防的重点。在这个小沙洲上，清军派出了约九千人的部队在上面驻防，同时，沙洲的南北两岸也驻守了重兵把守，其中北岸因为距离总督府的智所比较近，所以是福建的唯一一个新军协驻扎，而且新来的五千淮军在这里防守，再加上总督府的清兵护卫等，总兵力约12ooo人左右，南岸则是绿营兵和一部分巡防营驻守，总兵力约为9ooo人，为了更好地防守这片沙洲，清军仅有的3o多门火炮也被部署在了附近的山上，随时准备支援这里的战斗。
清军的部署很快就被北伐部队得知了，大家都觉得事情很蹊跷，因为根据已知的情报显示，张应?这个人平时甚少过问军事，而且也不擅长军务，怎么能把这些清军部队指挥的如此之好？难道是这老小子平时隐藏不露？还是清廷又想演一把“刘铭传暗中下广州”？不过这些都没有难住北伐的将士们，他们很快就制定了一个进攻的方案，就在第七师和独立旅做好进攻的准备时，萧智也从台湾赶到了福州的前线，同萧智一起来的还有一个由台湾高山族人逐渐的山地旅，约五千人。早在严复入主台湾之时，萧智就告诉他要对台湾的土著居民尤其是高山族人，要尽可能的以安抚为主，而且在适当的时候，可以以高山族人为主体逐渐一个山地旅或者是山地团，以便适应将来的山地作战。严复也没有辜负萧智的期望，入主台湾后，继续实行刘铭传的政策，对“生番”执行招降安抚的政策，随着台湾各族百姓生活水平的改善，民族关系也逐渐好转，随后严复在组建台湾师的时候，也单独组建了一个团的高山族部队，专门进行山地作战，此后这个团被萧智扩编成了一个旅的规模，成为了一个专门进行山地作战的部队，这次北伐军登陆福建，萧智原本没有打算将山地师派到前线来的，但是，考虑到江南地区多丘陵山地，其他部队在这样环境中，战斗力会受到一定的影响，山地师正好在这里派上用场，而且一直以来萧智都认为:军队只有经历过真正的血与火的考验，才能变得成熟，否则，即使训练的再好，也不过是温室里的花朵，成不了大气候。
萧智的到来使得第七师和独立旅的指挥被统一了起来，同时，山地师的到来也缓解攻城兵力不足的问题，原来的攻城计划也被修改，使得攻城作战的计划更加的具有可行性，也更加的合理。就在北伐部队摩拳擦掌镇北大干一场的时候，在福州城里的闽浙总督府里，一场争论也在进行着，主持会议的是闽浙总督张应?，会议的目的就是为了应对城外“安南叛军”的进攻，坐在桌子上的张应?目无表情的看着自己的属下们，他不是不想让他们停止这种无意义的争吵，可是奈何自己对兵事一窍不通，想劝却又不知从何处下手，只能眼睁睁地看着这些下属在那里吵得翻天覆地，自己却无能为力。
张应?(?－19o3)清末大臣。字筠庵。广州人。幼习经书。1849年中举人。次年举进士。1852年选庶吉士。越年散馆授检讨。1862年参与撰修《文宗显皇帝实录》。后迭任翰林院侍读、侍讲学士、詹事府左右庶事、国子监祭酒。1875年充福建乡试正考官。次年授甘肃学政，旋升内阁学士、兵部左侍郎。188o年为会试副总裁。后历任户部左侍郎、吏部右侍郎、吏部左侍郎等。1895年任左都御史。翌年擢工部尚书，充殿试读卷、阅卷等。1895年充总理各国事务衙门大臣，旋转任礼部尚书。同年9月4日以“阻塞言路”被革职。后起复，擢闽浙总督。19oo年参加“东南互保”，破坏义和团运动。19o2年被劾罢归，杜门不出，翌年病卒。从张应?的履历来看，是个典型的读书人，一直以来他的大部分政治生涯都是在中央，既没有特别突出的军事才能，也没有多少在地方从政的经验，这也是那帮子下属们敢于在他面前争吵的原因之一――刚来到地方的督抚确实威望不高，实在是不足以弹压住这些个骄兵悍将们。看来这样的争吵的在这位总督大人面前已经是见怪不怪了。
总督府的会议最后在福建将军鹏锡的弹压下才逐渐的安静下来，鹏锡这个人不比别人，还是很有一些本事的，现在清军在福州城里的部署，大都是他一手布置的，更主要的是他还是一位皇亲，这样的身份还是很能吓唬住这帮子当兵的大老粗们的。在鹏锡的弹压下，大家停止了争吵，开始逐渐的将注意力转移到了城市的防御上来，可惜的是好景不长，就在众人刚要讨论如何更好的协调各自的行动的时候，忽然间福州城外的阵地上炮声大作，喊杀声响成一片，北伐军开始攻城了，而在座的这些个清军将领在听到这些声音的时候，倒有一半的人脸色被吓得苍白，只有少数几个人脸色依旧，剩余的人则是面带忧色，也不知道是担心自己的前途，还是担心福州的未来。
北伐军的确开始攻城了，不过绝大多数都是佯攻，真正的攻击重点还是闽江上的那个沙洲，萧智等人可不愿意在福州城下消耗过多的时间，所以在一开始就对沙洲展开了猛烈的炮击，同时，海军也对沙洲上的清军阵地展开了猛烈的打击，只需半个小时炮击摧毁了清军在沙洲上的大部分工事，随后，海军运输的一个团开始在浚边村附近登陆，但是登陆从一开始就十分的不顺利，先是地方过于狭小，登陆部队有些展不开兵力，其次是，由于闽江上游这些日子降水不少，闽江的水位上涨了不少，原来的登陆地点现在变得泥泞不堪，许多的重武器无法被快的运上岸，最后一点就是清军的火炮了，这一次清军的炮兵变得十分聪明，为了防止北伐军的报复，清军的火炮部队在对沙洲守军进行支援时，往往只进行两到三轮的炮击后，就马上转移阵地，没有丝毫的犹豫，这也使得北伐军无法找到他们的准确位置以便加以摧毁。
清军在沙洲上部署的兵力远远多于北伐军登陆的部队，虽然在先前的炮击中摧毁了不少的清军工事，但是还是有不少的工事躲过了火炮的攻击，沙洲上残余的清军依靠这些工事不断地阻击着登陆部队，这使得在沙洲登陆的北伐军一个团被压在浚边至天马山一带动弹不得，幸亏北伐军的海军不间断的对清军阵地进行炮击，否则，清军的几次反扑很可能就把这个团赶到闽江里去，萧智在和众人商量过后，决定利用北伐军火炮上的优势，集中火力对清军沙洲上的阵地来一次炮火覆盖，在最大的范围内给清军一次教训，也减轻一下已经登陆沙洲的北伐军的这面压力。这次火炮射击整整持续了三十分钟，包括海军在内的几乎所有能用的火炮都用上了，近七千各种口径的炮弹将沙洲上的清军阵地犁了一个遍，如果不是清军吸取了此前的教训，把战壕挖的又深又窄，估计守在沙洲上的清军早就被这些炮弹给报销了，就算是这样，经过这顿炮火以后，清军在沙洲上守军数量已经有原来的9ooo人，变成了现在的5ooo人左右，火力优势已经不再那么的明显了，登陆的北伐军也趁胜攻击，一举突破清军在沙洲上的前两道防线，前锋营占领外泸和下洲，进逼下岐村，占两整个沙洲的三分之一多，后续部队也开始陆续的登陆沙洲。
由于沙洲北面的闽江航道过于狭小，大型舰只无法通过，也没有办法给沙洲上的北伐军登陆部队以有效的火力支援，而且闽江的北岸也是清军防守的重点，如果从这里推进容易遭到北岸清军的打击，所以登陆沙洲的北伐军都只好靠着南岸前行，因为沙洲南面是闽江的主航道，江面开阔，大型舰只也可通航，容易获得舰上的火力支援，这也是北伐部队主攻方向，清军也在这里布置了重兵。随着登陆沙洲的北伐军由一个团增加到了两个团，清军在沙洲上的防线开始出现松动，北伐军也是一阵穷追猛打，终于在8月18日上午将沙洲上的清军全部歼灭，福州城也随着闽江上沙洲的陷落而被分成了南北两部分，福州城的防御体系被打破了。
随着沙洲的陷落，福州的防御体系开始变得松动了，但是到底是先打北城，还是先打南城，成了萧智等人现在急需要解决的问题。第七师和独立旅的许多战士认为应该先打南城，他们认为南城守军较少，敌军的防守力量也很弱，北伐军可以很快的攻克之，一来可以震慑驻守在北城里的守军，二来可以防止敌军的偷袭。但是萧智最后却否决了他们的意见，他还是决定先攻打福州北城，萧智的理由有三，一是北城市整个福州城的中心，闽浙总督的府衙就设在了北城，打掉北城就可以彻底解决福州的问题，南城也会不战自降。二是清军主力都在北城，只要攻破北城，清军就很有可能投向，也防止了清军的北逃企图，一旦北伐军攻打南城，驻守北城的清军一见事情不妙，就很有可能会弃城北逃，到时候就不能很好地歼灭敌人的有生力量，三是北伐军的大部分部队都在闽江北岸，可以有效地对北岸敌军起攻击，如果要攻击南城里的守军，北伐军就不得不先向南岸转移，然后才能起攻击，这样做既费时又费力，而且效果也不见得好。萧智的这些理由说服了大家，众人一致决定先攻打北城里的清军，同时为了防止南城里的清军的偷袭，安南省的海军奉命严密封锁闽江，防止南岸里的清军的偷偷地向北岸转移。
清军似乎也知道丢失了沙洲的严重性，但是和萧智等人遇到的情况有些相似，清军不知道北伐军下一步会攻打福州城的那一部分，北城？还是南城？这使得清军在部署兵力时有些犹豫，正是这一瞬间的犹豫，使得北伐军在攻打北城时站了不少的便易，也使得福州城彻底失去了抵抗的资本。本来分兵防守就是兵家的大忌，但是偏偏福州城还必须得分兵才能守的过来，这也使得福州城在防守时变得十分的被动。
不得不说攻城战士惨烈的，就算是进攻的一方武器再先进也无法避免众多的伤亡，萧智不是第一次上战场了，但是在看见了攻城战后，萧智还是忍不住一阵阵的伤感，这就是战争，在这里永远只有杀戮和鲜血，没有人会去想这是为什么，他们只需要不断的杀戮就可以了。目标，理想，抱负等等等等，在这里是没有的，这里只有四处乱飞的子弹，呼啸而过的炮弹和不停的厮杀声，人的生命在这里是最不值钱的东西，因为下一秒你也许就会没命了。看着这样的景象，萧智的胃里甚至有种翻涌的感觉，他忽然觉得自己有些恶心。
战斗打的再久也有分出胜负的时候，福州城的北城在北伐军的猛攻下还是没有坚持住，8月2o日下午，福州城北城北北伐军攻克，傍晚时分，驻守在福州城南城的9ooo清军在走投无路之下，也选者了投降，福州战役结束，不久之后，台湾师在完成了对闽南地区的占领后来到了福州，顺利地同第七师和独立旅汇合，北伐军在福建的声势大振，闽北及闽西北等地区也纷纷表示归附安南的领导，北伐军的第二阶段开头顺利。